La finale del Trofeo della Football League del 1999 (conosciuta come Auto Windscreens Shield per motivi di sponsorizzazione) è stata la sedicesima finale della competizione nazionale del Trofeo della Football League per le squadre della seconda e della terza divisione della Football League .
La partita è stata giocata allo stadio di Wembley il 18 aprile 1999 ed è stata contestata da Millwall e Wigan Athletic . Questa è stata la prima apparizione di Millwall a Wembley in una competizione riconosciuta, e il club ha portato circa 47.000 dei 55.000 tifosi presenti.
Wigan ha vinto la partita 1-0, con Paul Rogers che ha segnato il gol della vittoria tre minuti dopo il recupero, uno dei soli cinque gol che ha segnato per il club in tre anni.
I turni sono stati divisi in due sezioni: Nord e Sud. Wigan Athletic sono stati i finalisti vincitori della Northern Section e Millwall sono stati i vincitori della Southern Final.