Progetto Genoma Cancro - Cancer Genome Project

Il Cancer Genome Project fa parte della ricerca sul cancro, l'invecchiamento e le mutazioni somatiche con sede presso il Wellcome Trust Sanger Institute nel Regno Unito. Ha lo scopo di identificare varianti / mutazioni di sequenza critiche nello sviluppo dei tumori umani . Come il progetto Cancer Genome Atlas negli Stati Uniti, il Cancer Genome Project rappresenta uno sforzo nella guerra al cancro per migliorare la diagnosi, il trattamento e la prevenzione del cancro attraverso una migliore comprensione delle basi molecolari della malattia. Il Cancer Genome Project è stato lanciato da Michael Stratton nel 2000 e Peter Campbell è ora il capogruppo del progetto. Il progetto lavora per combinare la conoscenza della sequenza del genoma umano con tecniche di rilevamento delle mutazioni ad alto rendimento .

Il progetto opera nell'ambito dell'International Cancer Genome Consortium , lavorando con le altre organizzazioni e paesi partecipanti per costruire un database dei cambiamenti genomici presenti in diversi tipi di cancro. Le informazioni sulle mutazioni somatiche raccolte dal progetto possono essere localizzate nel database COSMIC . Il progetto del Wellcome Trust Sanger Institute ha attualmente diversi partner interni che si concentrano su diversi tipi di cancro e mutagenesi utilizzando metodi diversi. La ricerca va oltre il semplice sequenziamento per includere scoperte di biomarcatori terapeutici effettuate utilizzando programmi di bioinformatica . Tra queste scoperte ci sono biomarcatori di sensibilità ai farmaci e biomarcatori inibitori. Queste scoperte, abbinate all'evoluzione delle tecnologie di sequenziamento del DNA verso tecniche di sequenziamento di prossima generazione, sono importanti nel potenziale trattamento delle malattie e possono persino aiutare a portare a una medicina più personalizzata per i malati di cancro.

Obiettivi

Gli obiettivi del progetto sono di aiutare a sequenziare e catalogare diversi genomi del cancro. Oltre al semplice sequenziamento, i partner interni del progetto hanno ciascuno diverse aree di interesse che aiuteranno nell'obiettivo generale del progetto di determinare modi unici per la diagnosi precoce del cancro, una migliore prevenzione e un migliore trattamento per i pazienti.

Partner

I seguenti gruppi sono partner interni del Wellcome Trust Sanger Institute con laboratori coinvolti nel Cancer Genome Project che stanno portando avanti diverse aree di ricerca che coinvolgono la genomica del cancro, altre malattie e miglioramenti terapeutici per entrambi i suddetti.

Gruppo Garnett

Il gruppo Garnett è guidato da Mathew Garnett. Lavorano per migliorare le attuali terapie antitumorali determinando in che modo le alterazioni nel DNA delle cellule provocano il cancro e le implicazioni che ciò ha sulle risposte dei pazienti alla terapia e sul suo potenziale miglioramento. L'attuale ricerca condotta dal gruppo include la genomica della sensibilità ai farmaci, la mappatura delle dipendenze sintetiche-letali nelle cellule tumorali, una nuova generazione di modelli di cancro organoide e modelli organoidi di precisione per studiare la funzione del gene del cancro.

Jackson Group

Il gruppo Jackson è guidato da Steve Jackson e la loro ricerca si concentra su come le cellule utilizzano la risposta al danno del DNA (DDR) per scoprire e riparare il DNA cellulare danneggiato. La ricerca che stanno conducendo ha grandi implicazioni che coinvolgono malattie che derivano dalla perdita della funzione del sistema DDR, come il cancro, le malattie neurodegenerative, l'infertilità, l'immunodeficienza e l'invecchiamento precoce.

Gruppo Liu

Pentao Liu guida il gruppo Liu, che utilizza la genetica, la genomica e la biologia cellulare nei topi per studiare il ruolo delle funzioni geniche nello sviluppo di cellule e tessuti normali, nonché lo sviluppo di varie cellule e tessuti malati, compreso il cancro. Il gruppo investe un grande interesse nella scelta del lignaggio, nell'auto-rinnovamento delle cellule staminali e nella differenziazione, che avrebbero implicazioni nella diagnosi precoce, nella prevenzione e nelle opzioni terapeutiche per il cancro e altre malattie genetiche.

Gruppo McDermott

Ultan McDermott è a capo del gruppo McDermott. Il gruppo utilizza tecnologie di sequenziamento di nuova generazione, schermi genetici e bioinformatica per aumentare la conoscenza dell'effetto che i genomi del cancro hanno sulla sensibilità e sulla resistenza ai farmaci in relazione ai pazienti. I diversi tipi di screening genetici utilizzati includono CRISPR , mutagenesi chimica e RNAi . Le principali aree di interesse del gruppo riguardano la farmacogenomica del cancro e gli schermi genetici per costruire una riserva di resistenze ai farmaci nel cancro.

Gruppo Nik-Zainal

La leader del gruppo Nik-Zainal è Serena Nik-Zainal . Il gruppo utilizza metodi computazionali per identificare la firma unica della mutagenesi nelle cellule somatiche per aiutare ad aumentare la comprensione di come le mutazioni nel DNA contribuiscono all'invecchiamento e al cancro. Man mano che vengono sequenziati più genomi del cancro, le informazioni generate dal gruppo comprenderanno una raccolta più solida, consentendo di comprendere come le mutazioni portano a diversi tipi e persino sottotipi di cancro.

Gruppo Vassiliou

Il gruppo Vassiliou è guidato da George Vassiliou e si concentra sul cancro ematologico . Il gruppo studia come i diversi geni e i loro percorsi aiutano nell'evoluzione dei tumori del sangue, con l'obiettivo finale di sviluppare un trattamento che aumenti la qualità e la durata della vita dei pazienti.

Gruppo Voet

Thierry Voet guida il gruppo Voet. Il gruppo utilizza varianti del genoma a cellula singola e il suo RNA trascritto per studiare il tasso di mutazione, l'instabilità genomica nella gametogenesi e nell'embriogenesi e gli effetti dell'eterogeneità cellulare su salute e malattia.

Ricerca

Nel tentativo di comprendere meglio la meccanica delle mutazioni che portano allo sviluppo del cancro il gruppo Nik-Zainal ha condotto uno studio che ha previsto la catalogazione delle mutazioni somatiche per 21 diversi tumori al seno. Il gruppo ha quindi utilizzato metodi matematici per aiutare a determinare le firme mutazionali uniche dei processi sottostanti che portano all'evoluzione da tessuto sano a tessuto malato per ciascuno dei tumori campionati. I risultati hanno mostrato che le mutazioni includevano diverse sostituzioni nucleotidiche singole e doppie che potevano essere differenziate. Le mutazioni uniche per ciascun tumore hanno consentito di classificare i 21 campioni in base al tipo e al sottotipo di cancro, mostrando una relazione tra le mutazioni e il tipo di cancro risultante. Mentre il gruppo è stato in grado di identificare queste mutazioni, non è stato in grado di determinare i meccanismi sottostanti che le hanno provocate.

Il gruppo McDermott in collaborazione con altri laboratori ha lavorato per trovare nuove possibilità di trattamento per la leucemia mieloide acuta (LMA), un cancro aggressivo con una prognosi infausta. Hanno raggiunto questo obiettivo progettando uno strumento di screening dell'intero genoma CRISPR per individuare le aree del genoma che sarebbero più suscettibili al trattamento nelle cellule AML. La ricerca ha identificato 492 geni essenziali per la funzione delle cellule AML che sarebbero accessibili come bersagli terapeutici. Il gruppo ha convalidato i risultati ottenuti mediante inibizione genetica e farmacologica su geni selezionati. L'inibizione di uno dei geni selezionati, KAT2A, è stata in grado di sopprimere la crescita delle cellule AML attraverso diversi genotipi lasciando intatte le cellule non cancerose. I risultati di questo studio propongono diverse opzioni terapeutiche promettenti per la LMA che dovranno essere ulteriormente studiate.

Guarda anche

link esterno

Riferimenti