Confronto delle implementazioni del campo di forza - Comparison of force-field implementations
Questa è una tabella di importanti programmi per computer che implementano campi di forza della meccanica molecolare .
| Programma | OPLS | AMBRA | CHARMM | GAFF | MMFF | QVBMM | UFF | Commenti |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Abalone | UA | 94, 96, 99SB, 03, GS, ii, generatore FF automatico | No | No | No | No | UFF - Campo da sogno | Per proteine , DNA , ligandi |
| AMBRA | sì | sì | Tramite lo strumento della camera dalla v11 | sì | No | No | No | |
| Designer di Ascalaph | UA | 94, 99SB, 03 | No | No | No | No | No | |
| Avogadro | No | No | No | sì | 94, 94s | No | sì | |
| Palloncino | No | No | No | No | 94 | No | No | Tipo MMFF94 |
| CAPO | sì | No | No | No | No | No | No | |
| CHARMM | Sì* | Sì* | Sì* | Tramite CHARMM-GUI | MMFF94 completo, ma si dice che il codice non sia stato mantenuto | No | No | * nella distribuzione standard |
| Gabedit | No | sì | No | sì | sì | No | No | |
| Utilità mm gaussiana | No | sì | No | No | No | No | sì | Campo di Dreiding disponibile |
| GROMACS | sì | Sì* | Sì* | sì | No | No | No | * nella distribuzione standard dalla v4.5.0 |
| MOE | aa | 89, 94, 99, anche con Extended Hückel Theory | 22, 27 | No | 94 (s) | No | No | |
| NAMD | sì | sì | sì | sì | No | No | No | |
| Q | sì | sì | sì | No | No | No | No | Per biopolimeri |
| Tinker | UA, AA, AA / L | 94, 96, 98, 99 | 19, 27 | No | 94 | No | No | Per proteine , molecole organiche |
| Towhee | UA, AA | 86 | 19, 22, 27 | No | 94 | No | sì | Monte Carlo |
| Yasara | No | 94, 96, 99, 03 | No | No | No | No | No | Inoltre campi personalizzati per l'affinamento delle assunzioni |
Guarda anche
- Campo di forza (chimica)
- Elenco dei software per la modellazione molecolare Monte Carlo
- Meccanica molecolare
- Software di progettazione molecolare
- Editor di molecole
- Confronto di software per la modellazione di meccanica molecolare
- Modellazione molecolare su GPU