DAPI - DAPI
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| Nomi | |
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Nome IUPAC
2- (4-Amidinofenil) -1 H -indolo-6-carbossamidina
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| Altri nomi
4 ′, 6-diamidino-2-fenilindolo
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| Identificatori | |
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Modello 3D ( JSmol )
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| ChEBI | |
| ChEMBL | |
| ChemSpider | |
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PubChem CID
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CompTox Dashboard ( EPA )
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| Proprietà | |
| C 16 H 15 N 5 | |
| Massa molare | 277,331 g · mol −1 |
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Salvo dove diversamente indicato, i dati sono forniti per i materiali nel loro stato standard (a 25 ° C [77 ° F], 100 kPa). |
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 verifica ( che cos'è ?)
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| Riferimenti di Infobox | |
DAPI (pronunciato 'DAPPY', / dæpiː /), o 4 ', 6-diamidino-2-fenilindolo , è un fluorescente macchia che si lega fortemente a adenina - timina -rich regioni in DNA . È ampiamente utilizzato nella microscopia a fluorescenza . Poiché DAPI può passare attraverso una membrana cellulare intatta , può essere utilizzato per colorare sia le cellule vive che quelle fisse , sebbene passi attraverso la membrana in modo meno efficiente nelle cellule vive e quindi fornisca un marker per la vitalità della membrana.
Storia
DAPI è stato sintetizzato per la prima volta nel 1971 nel laboratorio di Otto Dann come parte di una ricerca di farmaci per il trattamento della tripanosomiasi . Sebbene non abbia avuto successo come farmaco, ulteriori indagini hanno indicato che si legava fortemente al DNA e diventava più fluorescente quando legato. Ciò ha portato al suo utilizzo nell'identificazione del DNA mitocondriale nell'ultracentrifugazione nel 1975, il primo uso registrato di DAPI come colorante fluorescente del DNA.
Una forte fluorescenza quando legata al DNA ha portato alla rapida adozione di DAPI per la colorazione fluorescente del DNA per microscopia a fluorescenza . Il suo utilizzo per rilevare il DNA in cellule vegetali , metazoi e batteri e particelle virali è stato dimostrato alla fine degli anni '70 e la colorazione quantitativa del DNA all'interno delle cellule è stata dimostrata nel 1977. In questo periodo è stato dimostrato anche l' uso di DAPI come colorante del DNA per la citometria a flusso .
Proprietà di fluorescenza
Quando è legato al DNA a doppio filamento, DAPI ha un massimo di assorbimento a una lunghezza d'onda di 358 nm ( ultravioletto ) e il suo massimo di emissione è a 461 nm (blu). Pertanto, per la microscopia a fluorescenza, DAPI viene eccitato con luce ultravioletta e viene rilevato attraverso un filtro blu / ciano. Il picco di emissione è abbastanza ampio. DAPI si legherà anche all'RNA , sebbene non sia così fortemente fluorescente. La sua emissione si sposta a circa 500 nm quando è legata all'RNA.
L'emissione blu di DAPI è conveniente per i microscopisti che desiderano utilizzare più coloranti fluorescenti in un singolo campione. C'è una certa sovrapposizione di fluorescenza tra DAPI e molecole fluorescenti verdi come la fluoresceina e la proteina fluorescente verde (GFP), ma l'effetto di questo è piccolo. L'uso della miscelazione spettrale può spiegare questo effetto se è richiesta un'analisi dell'immagine estremamente precisa.
Al di fuori della microscopia ottica a fluorescenza, DAPI è anche popolare per l'etichettatura di colture cellulari per rilevare il DNA di Mycoplasma o virus contaminanti . Le particelle di Mycoplasma o virus etichettate nel terreno di coltura emettono fluorescenza una volta macchiate da DAPI rendendole facili da rilevare.
Modellazione delle proprietà di assorbimento e fluorescenza
Questa sonda fluorescente a DNA è stata modellata in modo efficace utilizzando la teoria del funzionale della densità dipendente dal tempo , accoppiata con la versione IEF del modello continuo polarizzabile . Questa modellazione meccanica quantistica ha razionalizzato il comportamento di assorbimento e fluorescenza in legame al solco minore e intercalazione nel DNA tasca, in termini di una ridotta flessibilità strutturale e polarizzazione.
Cellule vive e tossicità
DAPI può essere utilizzato per la colorazione delle cellule fisse. La concentrazione di DAPI necessaria per la colorazione delle cellule vive è generalmente molto alta; è usato raramente per le cellule vive. È etichettato come non tossico nella sua scheda di sicurezza e sebbene non sia stato dimostrato di avere mutagenicità per E. coli , è etichettato come mutageno noto nelle informazioni del produttore. Poiché si tratta di un piccolo composto legante il DNA, è probabile che abbia alcuni effetti cancerogeni e occorre prestare attenzione nella sua manipolazione e smaltimento.
Alternative
Le macchie di Hoechst sono simili a DAPI in quanto sono anche colorazioni di DNA fluorescenti blu che sono compatibili con applicazioni sia a cellule vive che a cellule fisse, nonché visibili utilizzando le stesse impostazioni di filtro dell'apparecchiatura come per DAPI.