Sottotipi di HIV - Subtypes of HIV

Virus dell'immunodeficienza umana
Albero filogenetico dei virus SIV e HIV
Albero filogenetico dei virus SIV e HIV
Classificazione scientificaModifica questa classificazione
(non classificato): Virus
regno : riboviria
Regno: Pararnavira
Filo: Artverviricota
Classe: Revtraviriceti
Ordine: Ortervirales
Famiglia: retroviridae
sottofamiglia: ortoretrovirinae
Genere: lentivirus
Gruppi inclusi
Taxa cladisticamente inclusi ma tradizionalmente esclusi

Uno degli ostacoli al trattamento del virus dell'immunodeficienza umana (HIV) è la sua elevata variabilità genetica. L'HIV può essere suddiviso in due tipi principali, l'HIV di tipo 1 (HIV-1) e l'HIV di tipo 2 (HIV-2). L'HIV-1 è correlato ai virus trovati negli scimpanzé e nei gorilla che vivono nell'Africa occidentale, mentre i virus HIV-2 sono correlati ai virus trovati nel fuligginoso mangabey , un vulnerabile primate dell'Africa occidentale. I virus HIV-1 possono essere ulteriormente suddivisi in gruppi. I virus HIV-1 del gruppo M predominano e sono responsabili della pandemia di AIDS. Il gruppo M può essere ulteriormente suddiviso in sottotipi basati su dati di sequenza genetica. Alcuni dei sottotipi sono noti per essere più virulenti o resistenti a diversi farmaci. Allo stesso modo, si ritiene che i virus dell'HIV-2 siano meno virulenti e trasmissibili rispetto ai virus del gruppo M dell'HIV-1, sebbene sia noto anche che l'HIV-2 causi l'AIDS.

Tipi principali

HIV-1

L'HIV-1 è il ceppo più comune e patogeno del virus. Ogni anno si verificano oltre 2 milioni di tali infezioni. Gli scienziati dividono l'HIV-1 in un gruppo principale (gruppo M) e due o più gruppi minori, vale a dire il gruppo N, O e forse un gruppo P. Si ritiene che ciascun gruppo rappresenti una trasmissione indipendente di SIV nell'uomo (ma sottotipi all'interno di un gruppo non sono). Un totale di 39 ORF si trovano in tutti e sei i possibili reading frame (RF) della sequenza completa del genoma dell'HIV-1, ma solo alcuni di essi sono funzionali.

Gruppo M

Con 'M' per "maggiore", questo è di gran lunga il tipo più comune di HIV, con oltre il 90% dei casi di HIV/AIDS derivanti dall'infezione con HIV-1 gruppo M. Questo importante virus HIV che era la fonte di pre -1960 virus pandemici hanno avuto origine negli anni '20 a Léopoldville , nel Congo Belga , oggi noto come Kinshasa, che ora è la capitale della Repubblica Democratica del Congo (RDC). La sua origine zoonotica è SIVcpz, che infetta gli scimpanzé. Il gruppo M è ulteriormente suddiviso in cladi, detti sottotipi, a cui viene anche assegnata una lettera. Esistono anche "forme ricombinanti circolanti" o CRF derivate dalla ricombinazione tra virus di sottotipi diversi a cui è assegnato un numero. CRF12_BF, ad esempio, è una ricombinazione tra i sottotipi B e F.

  • Il sottotipo A è comune nell'Africa orientale.
  • Il sottotipo B è la forma dominante in Europa, nelle Americhe, in Giappone e in Australia. Inoltre, il sottotipo B è la forma più comune in Medio Oriente e Nord Africa. Potrebbe essere stato esportato dall'Africa quando i professionisti haitiani hanno visitato Kinshasa negli anni '60 e l'hanno portato ad Haiti nel 1964.
  • Il sottotipo C è la forma dominante in Africa meridionale, Africa orientale, India, Nepal e parti della Cina.
  • Il sottotipo D è generalmente visto solo nell'Africa orientale e centrale.
  • Il sottotipo E si trova nel sud-est asiatico, che è la forma dominante per gli eterosessuali poiché la velocità di trasmissione è molto più alta rispetto alla maggior parte degli altri sottotipi.
  • Il sottotipo F è stato trovato in Africa centrale, Sud America ed Europa orientale.
  • Il sottotipo G (e il CRF02_AG) sono stati trovati in Africa e in Europa centrale.
  • Il sottotipo H è limitato all'Africa centrale.
  • Il sottotipo I è stato originariamente utilizzato per descrivere un ceppo che ora è considerato CRF04_cpx, con il cpx per una ricombinazione "complessa" di diversi sottotipi.
  • Il sottotipo J si trova principalmente nell'Africa settentrionale, centrale e occidentale e nei Caraibi
  • Il sottotipo K è limitato alla Repubblica Democratica del Congo (RDC) e al Camerun.
  • Il sottotipo L è limitato alla Repubblica Democratica del Congo (RDC).

Il movimento spaziale di questi sottotipi si è spostato lungo le ferrovie e i corsi d'acqua della Repubblica Democratica del Congo (RDC) da Kinshasa a queste altre aree. Questi sottotipi sono talvolta ulteriormente suddivisi in sottotipi come A1 e A2 o F1 e F2. Nel 2015, il ceppo CRF19 , un ricombinante del sottotipo A, sottotipo D e sottotipo G, con una proteasi sottotipo D , è risultato essere fortemente associato alla rapida progressione verso l'AIDS a Cuba . Questo non è pensato per essere un elenco completo o definitivo, ed è probabile che vengano trovati altri tipi.

Prevalenza del sottotipo HIV-1 nel 2002

Gruppo N

La 'N' sta per "non-M, non-O". Questo gruppo è stato scoperto da un team franco-camerunese nel 1998, quando hanno identificato e isolato il ceppo variante dell'HIV-1, YBF380, da una donna camerunese morta di AIDS nel 1995. Quando è stata testata, la variante YBF380 ha reagito con un antigene dell'involucro proveniente da SIVcpz piuttosto che con quelli del gruppo M o del gruppo O, indicando che era davvero un nuovo ceppo di HIV-1. A partire dal 2015, sono state registrate meno di 20 infezioni del gruppo N.

Gruppo O

Il gruppo O ("Outlier") ha infettato circa 100.000 individui situati nell'Africa centro-occidentale e di solito non si vede al di fuori di quell'area. Secondo quanto riferito, è più comune in Camerun, dove un sondaggio del 1997 ha rilevato che circa il 2% dei campioni sieropositivi proveniva dal gruppo O. La sua origine zoonotica è SIVgor, che infetta i gorilla (piuttosto che la fonte più comune, SIVcpz). Il gruppo ha suscitato qualche preoccupazione perché non è stato possibile rilevarlo dalle prime versioni dei kit per il test dell'HIV-1. Sono stati ora sviluppati test HIV più avanzati per rilevare sia il gruppo O che il gruppo N.

Gruppo P

Nel 2009, è stato segnalato che una sequenza di HIV appena analizzata ha una maggiore somiglianza con un virus dell'immunodeficienza delle scimmie recentemente scoperto nei gorilla selvatici (SIVgor) rispetto ai SIV degli scimpanzé (SIVcpz). Il virus era stato isolato da una donna camerunese residente in Francia a cui era stata diagnosticata l'infezione da HIV-1 nel 2004. Gli scienziati che hanno segnalato questa sequenza lo hanno inserito in un gruppo P proposto "in attesa dell'identificazione di ulteriori casi umani".

HIV-2

L'HIV-2 non è stato ampiamente riconosciuto al di fuori dell'Africa. La prima identificazione dell'HIV-2 è avvenuta nel 1985 in Senegal dal microbiologo Souleymane Mboup e dai suoi collaboratori. Il primo caso negli Stati Uniti è stato nel 1987. Il primo caso confermato di HIV-2 è stato un uomo portoghese che è stato curato presso il London Hospital for Tropical Diseases e poi è morto nel 1978. Si credeva che fosse stato esposto alla malattia in Guinea-Bissau, dove ha vissuto tra il 1956 e il 1966. La sua diagnosi patologica all'epoca era infezione da criptosporidio ed enterovirus, ma un'analisi del suo siero conservato nel 1987 ha scoperto che era infetto da HIV-2.

Molti kit di test per l'HIV-1 rileveranno anche l'HIV-2.

A partire dal 2010, ci sono otto gruppi noti di HIV-2 (da A a H). Di questi, solo i gruppi A e B sono pandemici. Il gruppo A si trova principalmente nell'Africa occidentale, ma si è diffuso a livello globale anche in Angola , Mozambico , Brasile, India, Europa e Stati Uniti. Nonostante la presenza dell'HIV-2 a livello globale, il gruppo B è principalmente limitato all'Africa occidentale. Nonostante il suo relativo confinamento, l'HIV-2 dovrebbe essere preso in considerazione in tutti i pazienti che presentano sintomi dell'HIV che non provengono solo dall'Africa occidentale, ma anche da chiunque abbia avuto un trasferimento di fluidi corporei con una persona dall'Africa occidentale (es. condivisione di aghi, contatto sessuale, eccetera.).

L'HIV-2 è strettamente correlato al virus dell'immunodeficienza delle scimmie endemico nei mangabey fuligginosi ( Cercocebus atys atys ) (SIVsmm), una specie di scimmia che abita le foreste del litorale dell'Africa occidentale. Le analisi filogenetiche mostrano che il virus più strettamente correlato ai due ceppi di HIV-2 che si sono diffusi notevolmente nell'uomo (HIV-2 gruppi A e B) è il SIVsmm trovato nei mangabey fuligginosi della foresta di Tai, nella Costa d'Avorio occidentale .

Ci sono altri sei gruppi noti di HIV-2, ciascuno dei quali è stato trovato in una sola persona. Sembrano tutti derivare da trasmissioni indipendenti da mangabey fuligginosi agli umani. I gruppi C e D sono stati trovati in due persone della Liberia , i gruppi E e F sono stati trovati in due persone della Sierra Leone e i gruppi G e H sono stati rilevati in due persone della Costa d'Avorio. Ciascuno di questi ceppi di HIV-2, per i quali gli esseri umani sono probabilmente ospiti senza uscita , è strettamente correlato ai ceppi di SIVsmm di mangabey fuligginosi che vivono nello stesso paese in cui è stata trovata l'infezione umana.

Diagnosi

La diagnosi di HIV-2 può essere fatta quando un paziente non ha sintomi ma esami del sangue positivi indicano che l'individuo ha l'HIV. Il test rapido Multispot HIV-1/HIV-2 è attualmente l'unico metodo approvato dalla FDA per tale differenziazione tra i due virus. Le raccomandazioni per lo screening e la diagnosi dell'HIV sono sempre state di utilizzare saggi immunoenzimatici che rilevano l'HIV-1, l'HIV-1 gruppo O e l'HIV-2. Durante lo screening della combinazione, se il test è positivo seguito da un western blot HIV-1 indeterminato , deve essere eseguito un test di follow-up, come il test degli aminoacidi , per distinguere quale infezione è presente. Secondo il NIH, una diagnosi differenziale di HIV-2 dovrebbe essere presa in considerazione quando una persona è di origine africana occidentale o ha avuto contatti sessuali o ha condiviso aghi con tale persona. L'Africa occidentale è a più alto rischio in quanto è l'origine del virus.

Trattamenti

È stato riscontrato che l'HIV-2 è meno patogeno dell'HIV-1. Il meccanismo dell'HIV-2 non è chiaramente definito, né la differenza dall'HIV-1, tuttavia la velocità di trasmissione è molto più bassa nell'HIV-2 rispetto all'HIV-1. Entrambe le infezioni possono portare all'AIDS negli individui affetti ed entrambe possono mutare per sviluppare resistenza ai farmaci. Il monitoraggio della malattia nei pazienti con HIV-2 include la valutazione clinica e la conta delle cellule CD4, mentre il trattamento comprende la terapia antiretrovirale (ART), gli inibitori nucleosidici della trascrittasi inversa (NRTI), gli inibitori della proteasi (PI) e gli inibitori non nucleosidici della trascrittasi inversa (NNRTI). ) con l'aggiunta di antagonisti del co-recettore CCR5 e inibitori della fusione .

La scelta della terapia iniziale e/o di seconda linea per l'HIV-2 non è stata ancora definita. L'HIV-2 sembra essere intrinsecamente resistente agli NNRTI, ma può essere sensibile agli NRTI, sebbene il meccanismo sia poco conosciuto. Gli inibitori della proteasi hanno mostrato un effetto variabile, mentre sono in corso di valutazione anche gli inibitori dell'integrasi. Sono allo studio anche regimi di combinazione delle terapie sopra elencate, che mostrano anche effetti variabili a seconda dei tipi di terapie combinate. Sebbene i meccanismi non siano chiaramente compresi per l'HIV-1 e l'HIV-2, è noto che utilizzano percorsi e modelli diversi, rendendo gli algoritmi utilizzati per valutare le mutazioni associate alla resistenza all'HIV-1 irrilevanti per l'HIV-2.

Ogni virus può essere contratto individualmente, oppure possono essere contratti insieme in quella che viene definita coinfezione. L'HIV-2 sembra avere tassi di mortalità più bassi, sintomi meno gravi e una progressione più lenta verso l'AIDS rispetto al solo HIV-1 o alla coinfezione. Nella coinfezione, tuttavia, ciò dipende in gran parte da quale virus è stato contratto per primo. L'HIV-1 tende a competere con l'HIV-2 per la progressione della malattia. La coinfezione sembra essere un problema crescente a livello globale con il passare del tempo, con la maggior parte dei casi identificati nei paesi dell'Africa occidentale e alcuni casi negli Stati Uniti.

Gravidanza

Se una madre incinta è esposta, lo screening viene eseguito normalmente. Se è presente l'HIV-2, è possibile somministrare una serie di farmaci ART perinatali come profilassi per ridurre il rischio di trasmissione da madre a figlio. Dopo la nascita del bambino, dovrebbe essere iniziato un regime standard di sei settimane di questi profilattici. Il latte materno può anche contenere particelle di HIV-2; pertanto, l'allattamento al seno è severamente sconsigliato.

Evoluzione

La rapida evoluzione dell'HIV può essere attribuita al suo alto tasso di mutazione. Durante le prime fasi della mutazione, l'evoluzione sembra essere neutrale a causa dell'assenza di una risposta evolutiva. Tuttavia, quando si esamina il virus in diversi individui, si possono trovare mutazioni convergenti che compaiono in modo indipendente in queste popolazioni virali.

L'evoluzione dell'HIV all'interno di un ospite influenza fattori tra cui la carica virale predefinita del virus . Se il virus ha una carica virale bassa, l'ospite vivrà più a lungo e c'è una maggiore probabilità che il virus venga trasmesso a un altro individuo. Se il virus ha una carica virale elevata, l'ospite vivrà per un periodo di tempo più breve e vi è una minore probabilità che il virus venga trasmesso a un altro individuo. L'HIV si è evoluto per massimizzare il numero di infezioni ad altri ospiti e questa tendenza alla selezione per favorire i ceppi intermedi mostra che l'HIV subisce una selezione stabilizzante.

Il virus si è anche evoluto per diventare più infettivo tra gli ospiti. Esistono tre diversi meccanismi che consentono all'HIV di evolversi a livello di popolazione. Uno include la continua battaglia per evolvere e superare il sistema immunitario che rallenta l'evoluzione dell'HIV e sposta l'attenzione del virus verso un livello di popolazione. Un altro include la lenta evoluzione della carica virale dovuta al fatto che le mutazioni della carica virale sono neutre all'interno dell'ospite. L'ultimo meccanismo si concentra sulla preferenza del virus di trasmettere ceppi virali fondanti immagazzinati durante le prime fasi dell'infezione. Questa preferenza del virus per trasmettere le sue copie del genoma memorizzate spiega perché l'HIV si evolve più rapidamente all'interno dell'ospite che tra gli host.

L'HIV si sta evolvendo in una forma più lieve, ma è "terribilmente lunga" per non essere più mortale.

Mutazioni di resistenza ai farmaci

Gli isolati di HIV-1 e HIV-2 con resistenza ai farmaci antiretrovirali derivano dalla selezione naturale e da mutazioni genetiche, che sono state tracciate e analizzate. Lo Stanford HIV Drug Resistance Database e l'International AIDS Society pubblicano elenchi dei più importanti di questi; primo anno che elenca 80 mutazioni comuni e l'ultimo anno 93 mutazioni comuni e reso disponibile tramite il database di sequenze di sequenze di proteasi e HIV di Stanford .

Guarda anche

Riferimenti

link esterno