Ha anche avuto una carriera giovanile di successo. Ha vinto il singolare femminile agli US Open del 1991 ed è stata numero 1 junior per un po' di tempo.
Nata a Bojnice , in Cecoslovacchia, Habšudová si è originariamente allenata come ginnasta, ma all'età di dieci anni è passata al tennis sotto l'incoraggiamento di sua madre, lei stessa ex tennista dilettante. All'età di quattordici anni, era già diventata la miglior giocatrice junior della Cecoslovacchia. Nel 1990 è stata incoronata campionessa del mondo ITF Junior e l'anno successivo ha vinto il titolo di singolare femminile agli US Open.
Come professionista, ha partecipato al quarto turno degli Australian Open 1991 mentre era ancora una studentessa, ma la sua promessa iniziale è stata ridotta da problemi di salute e infortuni, tra cui un attacco di polmonite nel 1993 e un infortunio alla caviglia l'anno successivo. Dopo aver subito un altro infortunio proprio quando era arrivata tra i primi 30 nella primavera del 1995, si è ripresa per godersi il suo anno di maggior successo nel 1996, dove ha avuto risultati come raggiungere la finale del German Open e i quarti di finale del Open di Francia . In quest'ultimo evento, ha battuto Martina Hingis e Anke Huber e ha servito per un posto in semifinale contro Arantxa Sánchez Vicario , ma alla fine ha perso 8-10 nel terzo set.
Habšudová alla fine ha rotto la top 10 all'inizio del 1997, dopo aver raggiunto la finale delle Generali Ladies Linz , diventando la prima donna in rappresentanza della Slovacchia a farlo. Sebbene abbia continuato a suonare nel tour fino al 2003, non ha mai più eguagliato lo stesso successo della sua stagione di svolta, con momenti salienti successivi tra cui la vittoria della Hopman Cup nel 1998 e il suo unico titolo WTA in singolare all'Austrian Open nel 1999. Nel 2001, ha ha raggiunto le semifinali del torneo di doppio misto di Wimbledon in coppia con David Rikl .
Dopo il suo pensionamento, ha lavorato per diversi anni come redattrice sportiva. Ha sposato suo marito Milan Cílek nel 2003 e hanno tre figli insieme.