Dopo la morte di suo fratello maggiore Tolomeo XIII d'Egitto il 13 gennaio 47 aC, e secondo la sua volontà, fu proclamato faraone e co-reggente dalla loro sorella maggiore e faraone rimanente , Cleopatra VII d'Egitto . Aveva circa 12 anni quando salì al trono. Lui e sua sorella maggiore, Cleopatra, erano sposati, ma Cleopatra continuò ad agire come amante del dittatore romano Giulio Cesare . Si ritiene che Tolomeo abbia regnato solo di nome, come concessione alla tradizione egiziana, con Cleopatra che mantiene l'autorità effettiva.
Il 15 marzo del 44 aC Cesare fu assassinato a Roma da un gruppo di cospiratori i cui membri più importanti erano Marco Giunio Bruto e Gaio Cassio Longino . Tolomeo lo seguì presto nella morte. Un'iscrizione che lo menziona come vivo è stata datata al 26 luglio 44 aC. Si è ipotizzato, ma rimane incerto, che Cleopatra abbia avvelenato il suo co-regnante, con aconito , per sostituirlo con suo nipote Tolomeo XV Cesare , figlio di Cesare che fu proclamato co-reggente il 2 settembre 44 a.C. e che sua madre intendeva sostenere come successore di suo padre.