Varianti di SARS-CoV-2 - Variants of SARS-CoV-2

Mutazioni positive, negative e neutre durante l'evoluzione di coronavirus come SARS-CoV-2

Sindrome respiratoria acuta grave coronavirus 2 (SARS-CoV-2), il virus che causa la malattia da coronavirus 2019 (COVID-19), ha molte varianti ; alcuni sono ritenuti, o sono stati ritenuti, di particolare importanza a causa del loro potenziale per una maggiore trasmissibilità, una maggiore virulenza o una ridotta efficacia dei vaccini contro di essi.

Panoramica

L'emergere di SARS-CoV-2 potrebbe essere il risultato di eventi di ricombinazione tra un coronavirus simile alla SARS di pipistrello e un coronavirus del pangolino attraverso la trasmissione tra specie.

I primi genomi di virus umani disponibili sono stati raccolti da pazienti da dicembre 2019 e ricercatori cinesi hanno confrontato questi primi genomi con ceppi di coronavirus di pipistrello e pangolino per stimare il tipo ancestrale di coronavirus umano; il tipo di genoma ancestrale identificato è stato etichettato con "S", e il suo tipo derivato dominante è stato etichettato con "L" per riflettere i cambiamenti dell'amminoacido mutante. Indipendentemente, i ricercatori occidentali hanno effettuato analisi simili ma hanno etichettato il tipo ancestrale "A" e il tipo derivato "B". Il tipo B è mutato in altri tipi, incluso B.1, che è l'antenato delle principali varianti globali di interesse, etichettate nel 2021 dall'OMS come alfa, beta, gamma e delta.

All'inizio della pandemia, c'erano poche varianti di virus "mutanti" a causa del piccolo numero di persone infette (cioè c'erano meno opportunità per l'emergere di mutanti di fuga). Col passare del tempo, SARS-CoV-2 ha iniziato a evolversi per diventare più trasmissibile. In particolare, la variante Alpha e la variante Delta sono entrambe più trasmissibili del virus originale identificato intorno a Wuhan in Cina.

Le varianti preoccupanti di SARS-CoV-2 sono in grado di mutare in modo che possano continuare a diffondersi di fronte all'aumento dell'immunità della popolazione mantenendo la loro idoneità alla replicazione.

La tabella seguente presenta le informazioni e il relativo livello di rischio per le varianti preoccupanti (VOC). Gli intervalli presuppongono un livello di confidenza o credibilità del 95% , se non diversamente indicato. Attualmente, tutte le stime sono approssimazioni a causa della limitata disponibilità di dati per gli studi. Per Alpha, Beta, Gamma e Delta, non vi è alcun cambiamento nell'accuratezza del test e l' attività dell'anticorpo neutralizzante è trattenuta da alcuni anticorpi monoclonali.

Identificazione Emergenza Modifiche relative a varianti precedentemente circolanti al momento e luogo di emergenza Attività anticorpale neutralizzante (o efficacia quando disponibile)
Etichetta dell'OMS lignaggio PANGO variante PHE Nextstrain clade Primo focolaio Primo campione VOC . designato mutazioni notevoli Trasmissibilità ricovero Mortalità Da infezione naturale Dalla vaccinazione
Alfa B.1.1.7 VOC‑20DEC‑01 20I (V1) Regno Unito 20 set 2020 18 dic 2020 69–70del, N501Y, P681H +29% ( 2433% ) +52% (4757% ) +59% (4474% )
CFR 0,06% per la fascia di età <50, 4,8% per la fascia di età >50
Riduzione minima Riduzione minima
B.1.1.7 con E484K VOC‑21FEB‑02 26 gennaio 2021 5 febbraio 2021 E484K, 69–70del, N501Y, P681H Notevolmente ridotto Notevolmente ridotto
Beta B.1.351 VOC‑20DEC‑02 20H (V2) Sud Africa maggio 2020 14 gen 2021 K417N, E484K, N501Y +25% (2030% ) Sotto investigazione Possibilmente aumentato La ridotta risposta delle cellule T provocata dal virus D614G rimane efficace Efficacia: ridotta contro la malattia sintomatica, mantenuta contro la malattia grave
Gamma P.1 VOC‑21JAN‑02 20J (V3) Brasile novembre 2020 15 gennaio 2021 K417T, E484K, N501Y +38% (2948% ) Possibilmente aumentato +50% (50% CRI ,2090% ) Ridotto Trattenuto da molti
Delta B.1.617 .2 VOC‑21APR‑02 21A India ottobre 2020 6 maggio 2021 L452R, T478K, P681R +97% (76117% ) +85% (39147% ) rispetto ad Alpha +137% (50230% )
CFR 0,04% per <50 gruppi di età non vaccinati, 6,5% per >50 gruppi di età non vaccinati
Si sono verificate reinfezioni, con un tasso di occorrenza inferiore rispetto alle infezioni vaccinate Riduzione dell'efficacia per malattie non gravi

  Rischio molto alto   Alto rischio   Rischio medio   A basso rischio   Rischio sconosciuto

Nomenclatura

Nomenclature corrispondenti SARS-CoV-2
lignaggi PANGO Note ai lignaggi PANGO Clade di ceppo successivo, 2021 cladi GISAID Varianti notevoli
A.1–A.6 19B S Contiene "sequenza di riferimento" WIV04/2019
B.3–B.7 , B.9 , B.10 , B.13–B.16 19A l
oh
B.2 V
B.1 B.1.5–B.1.72 20A G Lignaggio B.1 nel sistema di nomenclatura dei Lignaggi PANGO; include Delta/ B.1.617
B.1.9 , B.1.13 , B.1.22 , B.1.26 , B.1.37 GH
B.1.3–B.1.66 20C Include Epsilon/ B.1.427/ B.1.429/ CAL.20C e Eta/ B.1.525
20G Prevalente negli Stati Uniti in generale, feb '21
20H Include il lignaggio Beta/ B.1.351 alias 20H/501Y.V2 o 501.V2
B.1.1 20B GR Include B.1.1.207
20D
20J Include Gamma/ P.1 e Zeta/ P.2
20F
20I Include Alpha/ B.1.1.7 alias VOC-202012/01, VOC-20DEC-01 o 20I/501Y.V1
B.1.177 20E (UE1) GV Derivato da 20A
Diagramma ad albero dei lignaggi di SARS-CoV-2 secondo il sistema di nomenclatura Pango.

Le varianti SARS-CoV-2 sono classificate in base al loro lignaggio e alle mutazioni dei componenti, tuttavia a luglio 2021 non è stata stabilita alcuna nomenclatura coerente per questo. Molte organizzazioni, inclusi governi e agenzie di stampa, fanno riferimento colloquialmente a varianti relative al paese in cui sono state identificate per la prima volta. Dopo mesi di discussioni, il 31 maggio 2021 l' Organizzazione Mondiale della Sanità ha annunciato nomi in lettere greche per ceppi importanti, in modo che potessero essere facilmente indicati in modo semplice, facile da dire e non stigmatizzante. Questa decisione potrebbe essere stata presa in parte a causa delle critiche dei governi sull'uso dei nomi dei paesi per fare riferimento a varianti del virus.

Varie varianti SARS-CoV-2 segnalate ufficialmente da CDC, NIH, in relazione alle mutazioni L452R ed E484K

Sebbene esistano molte migliaia di varianti di SARS-CoV-2, i sottotipi del virus possono essere raggruppati in gruppi più ampi come lignaggi o cladi . Sono state proposte tre principali nomenclature generalmente utilizzate:

  • A partire da gennaio 2021, GISAID , facendo riferimento a SARS-CoV-2 come hCoV-19, aveva identificato otto cladi globali (S, O, L, V, G, GH, GR e GV).
  • Nel 2017, Hadfield et al. annunciato Nextstrain , destinato "al monitoraggio in tempo reale dell'evoluzione dei patogeni". Nextstrain è stato successivamente utilizzato per tracciare SARS-CoV-2, identificando 13 cladi principali (19A–B, 20A–20J e 21A) a partire da giugno 2021.
  • Nel 2020, Rambaut et al. del team del software Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineage (PANGOLIN) ha proposto in un articolo "una nomenclatura dinamica per i lignaggi SARS-CoV-2 che si concentra sui lignaggi dei virus in circolazione attiva e su quelli che si diffondono in nuove posizioni"; ad agosto 2021 erano stati designati 1340 lignaggi.

Ogni istituto di sanità pubblica nazionale può anche istituire un proprio sistema di nomenclatura al fine di tracciare varianti specifiche. Ad esempio, Public Health England ha designato ogni variante tracciata per anno, mese e numero nel formato [AAAA] [MM]/[NN], preceduto rispettivamente da "VUI" o "VOC" per una variante in esame o una variante preoccupante . Questo sistema è stato ora modificato e ora utilizza il formato [AA] [MMM]-[NN], dove il mese viene scritto utilizzando un codice di tre lettere.

Sequenza di riferimento

Poiché attualmente non è noto quando si è verificato il caso indice o il "paziente zero", la scelta della sequenza di riferimento per un dato studio è relativamente arbitraria, con le scelte di diversi studi di ricerca degni di nota che variano come segue:

  • La prima sequenza, Wuhan-1 , è stata raccolta il 24 dicembre 2019.
  • Un gruppo (Sudhir Kumar et al.) si riferisce ampiamente a un genoma di riferimento NCBI (GenBankID:NC_045512; GISAID ID: EPI_ISL_402125), questo campione è stato raccolto il 26 dicembre 2019, sebbene abbiano utilizzato anche il genoma di riferimento WIV04 GISAID (ID: EPI_ISL_402124) , nelle loro analisi.
  • Secondo un'altra fonte (Zhukova et al.), si pensa che la sequenza WIV04/2019 , appartenente al clade GISAID S / lignaggio PANGO A / clade Nextstrain 19B, rifletta più da vicino la sequenza del virus originale che infetta gli esseri umani, noto come " sequenza zero". WIV04/2019 è stato prelevato da un paziente sintomatico il 30 dicembre 2019 ed è ampiamente utilizzato (soprattutto da chi collabora con GISAID) come sequenza di riferimento .

La variante prima campionata e identificata a Wuhan, in Cina, è considerata dai ricercatori diversa dal genoma progenitore per tre mutazioni. Successivamente, si sono evoluti molti lignaggi distinti di SARS-CoV-2.

Criteri di notabilità

I virus generalmente acquisiscono mutazioni nel tempo, dando origine a nuove varianti. Quando una nuova variante sembra crescere in una popolazione, può essere etichettata come "variante emergente". Nel caso della SARS-CoV-2, i nuovi lignaggi spesso differiscono l'uno dall'altro solo per pochi nucleotidi.

Alcune delle potenziali conseguenze delle varianti emergenti sono le seguenti:

  • Maggiore trasmissibilità
  • Aumento della morbilità
  • Aumento della mortalità
  • Capacità di eludere il rilevamento mediante test diagnostici
  • Ridotta sensibilità ai farmaci antivirali (se e quando tali farmaci sono disponibili)
  • Ridotta suscettibilità agli anticorpi neutralizzanti, sia terapeutici (p. es., plasma convalescente o anticorpi monoclonali) o in esperimenti di laboratorio
  • Capacità di eludere l'immunità naturale (p. es., causando reinfezioni)
  • Capacità di infettare individui vaccinati
  • Aumento del rischio di condizioni particolari come la sindrome infiammatoria multisistemica o il COVID lungo .
  • Maggiore affinità per particolari gruppi demografici o clinici, come bambini o individui immunocompromessi.

Le varianti che sembrano soddisfare uno o più di questi criteri possono essere etichettate come "varianti in esame" o "varianti di interesse" in attesa di verifica e convalida di queste proprietà. La caratteristica principale di una variante di interesse è che mostra prove che dimostrano che è la causa di un'aumentata proporzione di casi o cluster di focolai unici; tuttavia, deve anche avere una limitata prevalenza o espansione a livello nazionale, altrimenti la classificazione verrebbe elevata a " variante preoccupante ". Se c'è una chiara evidenza che l'efficacia delle misure di prevenzione o di intervento per una particolare variante è sostanzialmente ridotta, quella variante è definita una "variante di elevata conseguenza".

Varianti di interesse (OMS)

Di seguito sono elencate le varianti di preoccupazione (VOC) attualmente riconosciute dall'Organizzazione mondiale della sanità . Altre organizzazioni come il CDC negli Stati Uniti a volte hanno utilizzato un elenco leggermente diverso, ma a partire da luglio 2021 il loro elenco corrisponde a quello dell'OMS.

Micrografia elettronica a trasmissione in falsi colori di una variante del coronavirus B.1.1.7. Si ritiene che l'aumentata trasmissibilità della variante sia dovuta ai cambiamenti nella struttura delle proteine ​​spike, mostrate qui in verde.

Alfa (lignaggio B.1.1.7)

Rilevato per la prima volta nell'ottobre 2020 durante la pandemia di COVID-19 nel Regno Unito da un campione prelevato il mese precedente nel Kent, il lignaggio B.1.1.7, etichettato come variante alfa dall'OMS, era precedentemente noto come la prima variante oggetto di indagine a dicembre 2020 (VUI – 202012/01) e successivamente annotato come VOC-202012/01. È anche noto come 20I (V1), 20I/501Y.V1 (precedentemente 20B/501Y.V1) o 501Y.V1. Da allora, le sue probabilità di prevalenza sono raddoppiate ogni 6,5 giorni, il presunto intervallo generazionale. È correlato con un aumento significativo del tasso di infezione da COVID-19 nel Regno Unito , associato in parte alla mutazione N501Y . C'erano state alcune prove che questa variante aveva un aumento della trasmissibilità del 40-80% (con la maggior parte delle stime che si trovavano intorno all'estremità medio-alta di questo intervallo) e le prime analisi suggerivano un aumento della letalità, sebbene lavori più recenti non abbiano trovato prove di un aumento virulenza. A partire da maggio 2021, la variante Alpha è stata rilevata in circa 120 paesi.

B.1.1.7 con E484K

La variante di preoccupazione 21FEB-02 (precedentemente scritta come VOC -202102/02), descritta da Public Health England (PHE) come "B.1.1.7 con E484K" è della stessa linea nel sistema di nomenclatura Pango, ma ha un'ulteriore E484K mutazione. Al 17 marzo 2021, ci sono 39 casi confermati di VOC -21FEB-02 nel Regno Unito. Il 4 marzo 2021, gli scienziati hanno segnalato B.1.1.7 con mutazioni E484K nello stato dell'Oregon . In 13 campioni analizzati, uno aveva questa combinazione, che sembrava essere nata spontaneamente e localmente, piuttosto che essere importata. Altri nomi per questa variante includono B.1.1.7+E484K e B.1.1.7 Lineage con S:E484K.

Beta (lignaggio B.1.351)

Il 18 dicembre 2020, la variante 501.V2 , nota anche come 501.V2, 20H (V2), 20H/501Y.V2 (ex 20C/501Y.V2), 501Y.V2, VOC-20DEC-02 (ex VOC - 202012/02), o il ceppo B.1.351, è stato rilevato per la prima volta in Sud Africa e segnalato dal dipartimento della salute del paese . È stato etichettato come variante Beta dall'OMS. Ricercatori e funzionari hanno riferito che la prevalenza della variante era più elevata tra i giovani senza condizioni di salute di base e, rispetto ad altre varianti, in quei casi risulta più frequente in malattie gravi. Il dipartimento della salute sudafricano ha anche indicato che la variante potrebbe guidare la seconda ondata dell'epidemia di COVID-19 nel paese a causa della diffusione della variante a un ritmo più rapido rispetto ad altre varianti precedenti del virus.

Gli scienziati hanno notato che la variante contiene diverse mutazioni che le consentono di attaccarsi più facilmente alle cellule umane a causa delle seguenti tre mutazioni nel dominio di legame del recettore (RBD) nella glicoproteina spike del virus: N501Y , K417N ed E484K . La mutazione N501Y è stata rilevata anche nel Regno Unito.

Gamma (lignaggio P.1)

La variante Gamma o stirpe P.1, denominata Variant of Concern 21JAN-02 (ex VOC-202101/02) da Public Health England, 20J (V3) o 20J/501Y.V3 da Nextstrain , o solo 501Y.V3, è stata rilevata a Tokyo il 6 gennaio 2021 dall'Istituto nazionale di malattie infettive (NIID). È stato etichettato come variante Gamma dall'OMS. La nuova variante è stata identificata per la prima volta in quattro persone arrivate a Tokyo dopo aver viaggiato dallo stato brasiliano dell'Amazonas il 2 gennaio 2021. Il 12 gennaio 2021, il Centro CADDE Brasile-Regno Unito ha confermato 13 casi locali della nuova variante Gamma nella foresta pluviale amazzonica. Questa variante di SARS-CoV-2 è stata denominata lignaggio P.1 (sebbene sia un discendente di B.1.1.28, il nome B.1.1.28.1 non è consentito e quindi il nome risultante è P.1) e ha 17 modifiche amminoacidiche uniche, 10 delle quali nella sua proteina spike, comprese le tre mutazioni relative: N501Y , E484K e K417T.

Le mutazioni N501Y e E484K favoriscono la formazione di un complesso stabile RBD-hACE2, migliorando così l'affinità di legame di RBD a hACE2. Tuttavia, la mutazione K417T sfavorerebbe la formazione di complessi tra RBD e hACE2, che ha dimostrato di ridurre l'affinità di legame.

La nuova variante era assente nei campioni raccolti da marzo a novembre 2020 a Manaus, nello stato di Amazonas , ma è stata rilevata per la stessa città nel 42% dei campioni dal 15 al 23 dicembre 2020, seguito dal 52,2% dal 15 al 31 dicembre e 85,4% durante l'1-9 gennaio 2021. Uno studio ha rilevato che le infezioni da Gamma possono produrre una carica virale quasi dieci volte maggiore rispetto alle persone infette da una delle altre linee identificate in Brasile (B.1.1.28 o B.1.195). La gamma ha anche mostrato una trasmissibilità 2,2 volte superiore con la stessa capacità di infettare sia gli adulti che le persone anziane, suggerendo che i lignaggi simili a P.1 e P.1 hanno più successo nell'infettare gli esseri umani più giovani indipendentemente dal sesso.

Uno studio su campioni raccolti a Manaus tra novembre 2020 e gennaio 2021 ha indicato che la variante Gamma è 1,4-2,2 volte più trasmissibile e si è dimostrata in grado di eludere il 25-61% dell'immunità ereditata da precedenti malattie del coronavirus, portando alla possibilità di reinfezione dopo il recupero da una precedente infezione da COVID-19. Per quanto riguarda il tasso di mortalità, anche le infezioni da Gamma sono risultate essere del 10-80% più letali.

Uno studio ha rilevato che le persone completamente vaccinate con Pfizer o Moderna hanno significativamente ridotto l' effetto di neutralizzazione contro Gamma, sebbene l'impatto effettivo sul decorso della malattia sia incerto. Uno studio di pre-stampa per la Cruz Fondazione Oswaldo pubblicato all'inizio di aprile ha rilevato che le prestazioni reali delle persone con la dose iniziale del Sinovac s' Coronavac vaccino ha avuto efficacia tasso di circa il 50%. Si aspettavano che l'efficacia fosse maggiore dopo la 2a dose. A partire da luglio 2021, lo studio è in corso.

I dati preliminari di due studi indicano che il vaccino Oxford-AstraZeneca è efficace contro la variante Gamma, sebbene l'esatto livello di efficacia non sia ancora stato rilasciato. I dati preliminari di uno studio condotto dall'Instituto Butantan suggeriscono che CoronaVac è efficace anche contro la variante Gamma e, a luglio 2021, deve ancora essere ampliato per ottenere dati definitivi.

Delta (lignaggio B.1.617.2)

La variante Delta, nota anche come B.1.617.2, G/452R.V3, 21A o 21A/S:478K, è una variante dominante a livello globale che si è diffusa in almeno 185 paesi. È stato scoperto per la prima volta in India . Discendente del lignaggio B.1.617, che include anche la variante Kappa in esame, è stato scoperto per la prima volta nell'ottobre 2020 e da allora si è diffuso a livello internazionale. Il 6 maggio 2021, gli scienziati britannici hanno dichiarato B.1.617.2 (che in particolare manca di mutazione a E484Q) come "variante di preoccupazione", etichettandola VOC-21APR-02, dopo aver segnalato la prova che si diffonde più rapidamente rispetto alla versione originale del virus e potrebbe diffondersi più rapidamente o rapidamente come Alpha. Porta le mutazioni L452R e P681R in Spike; a differenza di Kappa porta T478K ma non E484Q.

Il 3 giugno 2021, Public Health England ha riferito che dodici dei 42 decessi per la variante Delta in Inghilterra erano tra i completamente vaccinati e che si stava diffondendo quasi due volte più velocemente della variante Alpha. Sempre l'11 giugno, il Foothills Medical Center di Calgary, in Canada, ha riferito che metà dei loro 22 casi della variante Delta si sono verificati tra i completamente vaccinati.

Nel giugno 2021 iniziarono ad apparire segnalazioni di una variante di Delta con la mutazione K417N. La mutazione, presente anche nelle varianti Beta e Gamma, ha sollevato preoccupazioni circa la possibilità di una ridotta efficacia dei vaccini e dei trattamenti anticorpali e un aumento del rischio di reinfezione. La variante, denominata "Delta with K417N" da Public Health England, include due cladi corrispondenti ai lignaggi Pango AY.1 e AY.2. È stato soprannominato "Delta plus" da "Delta plus K417N". Il nome della mutazione, K417N, si riferisce a uno scambio per cui la lisina (K) viene sostituita da asparagina (N) in posizione 417. Il 22 giugno, il Ministero della salute e del benessere familiare dell'India ha dichiarato la variante "Delta plus" di COVID-19 a Variant of Concern dopo che in India sono stati segnalati 22 casi della variante. Dopo l'annuncio, i principali virologi hanno affermato che non c'erano dati sufficienti per supportare l'etichettatura della variante come una variante distinta di preoccupazione, indicando il piccolo numero di pazienti studiati.

Varianti di interesse (OMS)

Di seguito sono elencate le varianti di interesse (VOI) che sono, a partire da agosto 2021, riconosciute dall'Organizzazione mondiale della sanità . Altre organizzazioni come il CDC negli Stati Uniti a volte possono utilizzare un elenco leggermente diverso.

Lambda (lignaggio C.37)

La variante Lambda, nota anche come ceppo C.37, è stata rilevata per la prima volta in Perù nell'agosto 2020 ed è stata designata dall'OMS come variante di interesse il 14 giugno 2021. Si è diffusa in almeno 30 paesi in tutto il mondo e, a partire dal Luglio 2021, non è noto se sia più infettivo e resistente ai vaccini rispetto ad altri ceppi.

Mu (lignaggio B.1.621)

La variante Mu, nota anche come linea B.1.621, è stata rilevata per la prima volta in Colombia nel gennaio 2021 ed è stata designata dall'OMS come variante di interesse il 30 agosto 2021. Ci sono stati focolai in Sud America ed Europa.

Ex varianti di interesse

Epsilon (lignaggi B.1.429, B.1.427, CAL.20C)

La variante o stirpe Epsilon B.1.429, nota anche come CAL.20C o CA  VUI1, 21C o 20C/S:452R, è definita da cinque mutazioni distinte (I4205V e D1183Y nel gene ORF1ab e S13I, W152C, L452R in il gene S della proteina spike), di cui l'L452R (precedentemente rilevato anche in altri lignaggi non correlati) era particolarmente preoccupante. Dal 17 marzo al 29 giugno 2021, il CDC ha elencato B.1.429 e il relativo B.1.427 come "varianti di interesse". A partire da luglio 2021, Epsilon non è più considerata una variante di interesse dall'OMS, in quanto è stata superata da Alpha.

Da settembre 2020 a gennaio 2021, era dal 19% al 24% in più di trasmissibilità rispetto alle varianti precedenti in California. La neutralizzazione contro di essa da parte degli anticorpi delle infezioni naturali e delle vaccinazioni è stata moderatamente ridotta, ma è rimasta rilevabile nella maggior parte dei test diagnostici.

Epsilon (CAL.20C) è stato osservato per la prima volta nel luglio 2020 dai ricercatori del Cedars-Sinai Medical Center , in California , in uno dei 1.230 campioni di virus raccolti nella contea di Los Angeles dall'inizio dell'epidemia di COVID-19 . Non è stato più rilevato fino a settembre, quando è riapparso tra i campioni in California, ma i numeri sono rimasti molto bassi fino a novembre. Nel novembre 2020, la variante Epsilon rappresentava il 36% dei campioni raccolti presso il Cedars-Sinai Medical Center e, nel gennaio 2021, la variante Epsilon rappresentava il 50% dei campioni. In un comunicato stampa congiunto da University of California, San Francisco , California Dipartimento di Sanità Pubblica e di Santa Clara County Public Health Department , la variante è stata anche rilevata in diverse contee della California del Nord. Da novembre a dicembre 2020, la frequenza della variante nei casi sequenziati della California settentrionale è passata dal 3% al 25%. In una prestampa, CAL.20C è descritto come appartenente al clade 20C e che contribuisce per circa il 36% dei campioni, mentre una variante emergente dal clade 20G rappresenta circa il 24% dei campioni in uno studio incentrato sulla California meridionale. Si noti, tuttavia, che negli Stati Uniti nel suo insieme, il clade 20G predomina, a partire da gennaio 2021. A seguito del crescente numero di Epsilon in California, la variante è stata rilevata a frequenze variabili nella maggior parte degli stati degli Stati Uniti. Piccoli numeri sono stati rilevati in altri paesi del Nord America e in Europa, Asia e Australia. Dopo un aumento iniziale, la sua frequenza è rapidamente diminuita da febbraio 2021 poiché veniva superata dalla concorrenza dell'Alpha più trasmissibile . Ad aprile, Epsilon è rimasto relativamente frequente in alcune parti della California settentrionale, ma era praticamente scomparso dal sud dello stato e non era mai stato in grado di stabilire un punto d'appoggio altrove; solo il 3,2% di tutti i casi negli Stati Uniti erano Epsilon, mentre più di due terzi erano Alpha.

Zeta (lignaggio P.2)

La variante Zeta o stirpe P.2, una sotto stirpe di B.1.1.28 come Gamma (P.1), fu scoperta per la prima volta in circolazione nello stato di Rio de Janeiro ; ospita la mutazione E484K, ma non le mutazioni N501Y e K417T. Si è evoluto indipendentemente a Rio de Janeiro senza essere direttamente correlato alla variante Gamma di Manaus. Sebbene in precedenza Zeta fosse etichettata come variante di interesse, a partire da luglio 2021, non è più considerata tale dall'OMS.

Theta (lignaggio P.3)

Il 18 febbraio 2021, il Dipartimento della salute delle Filippine ha confermato il rilevamento di due mutazioni di COVID-19 nel Visayas centrale dopo che i campioni dei pazienti erano stati inviati per essere sottoposti al sequenziamento del genoma. Le mutazioni sono state successivamente denominate E484K e N501Y, che sono state rilevate in 37 su 50 campioni, con entrambe le mutazioni co-occorrenti in 29 di questi.

Il 13 marzo, il Dipartimento della Salute ha confermato che le mutazioni costituiscono una variante che è stata designata come ceppo P.3. Lo stesso giorno, ha anche confermato il primo caso COVID-19 causato dalla variante Gamma nel paese. Le Filippine hanno avuto 98 casi della variante Theta il 13 marzo. Il 12 marzo è stato annunciato che Theta era stato rilevato anche in Giappone. Il 17 marzo, il Regno Unito ha confermato i suoi primi due casi, in cui PHE lo ha definito VUI-21MAR-02. Il 30 aprile 2021, la Malesia ha rilevato 8 casi della variante Theta nel Sarawak.

A partire da luglio 2021, Theta non è più considerata una variante di interesse dall'OMS.

Eta (lignaggio B.1.525)

La variante Eta o stirpe B.1.525, chiamata anche VUI -21FEB-03 (precedentemente VUI-202102/03) da Public Health England (PHE) e precedentemente nota come UK1188, 21D o 20A/S:484K, non ha lo stesso Mutazione N501Y trovata in Alpha , Beta e Gamma , ma porta la stessa mutazione E484K come trovata nelle varianti Gamma, Zeta e Beta, e porta anche la stessa delezione ΔH69/ΔV70 (una delezione degli amminoacidi istidina e valina in posizioni 69 e 70) come si trova nella variante Alpha, N439K (B.1.141 e B.1.258) e nella variante Y453F ( Cluster 5 ). Eta differisce da tutte le altre varianti avendo sia la mutazione E484K che una nuova mutazione F888L (una sostituzione della fenilalanina (F) con la leucina (L) nel dominio S2 della proteina spike). Al 5 marzo 2021, era stato rilevato in 23 paesi. È stato segnalato anche a Mayotte , il dipartimento/regione d' oltremare della Francia. I primi casi sono stati rilevati nel dicembre 2020 nel Regno Unito e in Nigeria e, dal 15 febbraio 2021, si era verificato con la più alta frequenza tra i campioni in quest'ultimo paese. Al 24 febbraio 56 casi sono stati riscontrati nel Regno Unito. La Danimarca, che ha sequenziato tutti i suoi casi COVID-19, ha trovato 113 casi di questa variante dal 14 gennaio al 21 febbraio 2021, di cui sette erano direttamente correlati a viaggi stranieri in Nigeria.

A partire da luglio 2021, gli esperti del Regno Unito lo stanno studiando per accertare quanto potrebbe essere un rischio. Attualmente è considerata una "variante sotto inchiesta", ma in attesa di ulteriori studi, potrebbe diventare una " variante preoccupante ". Ravi Gupta , dell'Università di Cambridge, ha affermato in un'intervista alla BBC che il lignaggio B.1.525 sembrava avere "mutazioni significative" già osservate in alcune delle altre varianti più recenti, il che significa che il loro probabile effetto è in una certa misura più prevedibile.

Iota (lignaggio B.1.526)

Nel novembre 2020, è stata scoperta una variante mutante a New York City, che è stata denominata lignaggio B.1.526. A partire dall'11 aprile 2021, la variante è stata rilevata in almeno 48 stati degli Stati Uniti e 18 paesi. In uno schema che rispecchia Epsilon, Iota è stato inizialmente in grado di raggiungere livelli relativamente alti in alcuni stati, ma nel maggio 2021 è stato superato dalla più trasmissibile Delta e Alpha.

Kappa (lignaggio B.1.617.1)

La variante Kappa è uno dei tre sottolignaggi del lignaggio B.1.617 . È anche noto come lignaggio B.1.617.1, 21B o 21A/S:154K ed è stato rilevato per la prima volta in India nel dicembre 2020. Alla fine di marzo 2021, Kappa rappresentava più della metà delle sequenze inviate dall'India. . Il 1 aprile 2021 è stata designata una variante sotto inchiesta (VUI-21APR-01) da Public Health England. Ha le notevoli mutazioni L452R, E484Q, P681R.

Avvisi per ulteriore monitoraggio (OMS)

Definite come varianti con cambiamenti genetici sospettati di influenzare le caratteristiche del virus e qualche indicazione di rappresentare un rischio futuro, ma con prove poco chiare di impatto fenotipico o epidemiologico, che richiedono un monitoraggio potenziato e una valutazione ripetuta dopo nuove prove.

Dal 16 settembre 2021
stirpe Pango GISAID clade Clade di ceppo successivo I primi campioni Data di designazione Appunti
R.1 GR 2021-01 2021-04-07 Istituto Nazionale di Malattie Infettive in Giappone variante di interesse. Ha la mutazione E484K sul dominio di legame del recettore e la mutazione W152L sul dominio terminale N, entrambe le quali possono avere implicazioni per la fuga immunitaria. È stato trovato in 30 paesi con 7057 casi in Giappone e 1249 casi negli Stati Uniti. Un piccolo studio negli Stati Uniti ha scoperto che il vaccino Pfizer-Biontech era efficace al 94% contro il ricovero in ospedale e la morte per R.1 durante un'epidemia. In Giappone continuano a comparire casi di R.1.
B.1.466.2 GH 2020-11 2021-04-28 Campione per la prima volta in Indonesia .
B.1.1.318 GR 2021-01 2021-06-02 Public Health England VUI (VUI-21FEB-04, precedentemente VUI-202102/04) il 24 febbraio 2021. Nel Regno Unito sono stati rilevati 16 casi. 155 casi sono stati rilevati nella provincia dell'Ontario, in Canada, tra il 30 maggio e il 26 giugno 2021. È stato chiamato Fin-796H quando è stato scoperto in Finlandia , indicando la mutazione di D796H, ed è determinato provenire dalla Nigeria . La variante presenta anche la mutazione E484K.
B.1.1.519 GR 20B/S.732A 2020-11 2021-06-02
C.36.3 GR 2021-01 2021-06-16
B.1.214.2 G 2020-11 2021-06-30
B.1.427
B.1.429
GH/452R.V1 21C 2020-03 2021-07-06 Epsilon , prima campionata negli Stati Uniti .
B.1.1.523 GR 2020-05 2021-07-14
B.1.619 G 2020-05 2021-07-14
B.1.620 G 20A/S.126A 2020-11 2021-07-14 Scoperta in Lituania nel marzo 2021, nota anche come "ceppo lituano". È stato trovato in Africa centrale e in Nord America. Oltre alla Lituania, anche altri paesi europei, tra cui Francia e Belgio, hanno riscontrato la presenza di questa variante. Questo ceppo ha 23 mutazioni e delezioni rispetto al ceppo di riferimento, alcune delle quali sono mutazioni uniche. Il lignaggio contiene una mutazione E484K. In questa variante si trova anche D614G, una mutazione presente nella maggior parte dei ceppi circolanti. Altre mutazioni degne di nota includono P681H e S477N.
C.1.2 GR 2021-05 2021-09-01 Identificato a maggio 2021 quando rappresentava lo 0,2% (2/1054) dei genomi sequenziati in Sudafrica , salendo a giugno all'1,6% (25/2177) e a luglio al 2,0% (26/1326), simili agli aumenti della diagnosi precoce delle varianti Beta e Delta. Nel giugno 2021 è stato rilevato in Inghilterra e Cina e dal 13 agosto 2021 è stato rilevato anche in Portogallo , Svizzera , Repubblica Democratica del Congo (RDC), Mauritius e Nuova Zelanda . C.1.2 contiene più sostituzioni (C136F, R190S, D215G, Y449H, N484K, N501Y , H655Y, N679K e T859N) e delezioni (Y144del, L242-A243del) all'interno della proteina spike. Secondo quanto riferito, la variante muta a un tasso più elevato rispetto ad altri COV.

Altre varianti degne di nota

Il lignaggio B.1.1.207 è stato sequenziato per la prima volta nell'agosto 2020 in Nigeria; le implicazioni per la trasmissione e la virulenza non sono chiare ma è stata elencata come una variante emergente dai Centri statunitensi per il controllo delle malattie . Sequenziata dal Centro africano di eccellenza per la genomica delle malattie infettive in Nigeria, questa variante presenta una mutazione P681H, condivisa con la variante Alpha . Non condivide altre mutazioni con la variante Alpha e alla fine di dicembre 2020 questa variante rappresenta circa l'1% dei genomi virali sequenziati in Nigeria, anche se questo potrebbe aumentare. A partire da maggio 2021, il lignaggio B.1.1.207 è stato rilevato in 10 paesi.

Il lignaggio B.1.1.317, sebbene non sia considerato una variante preoccupante , è degno di nota in quanto Queensland Health ha costretto 2 persone a intraprendere la quarantena in hotel a Brisbane , in Australia, a sottoporsi a una quarantena aggiuntiva di 5 giorni oltre ai 14 giorni obbligatori dopo la conferma sono stati infettati da questa variante.

Il lignaggio B.1.616, identificato nella Francia occidentale all'inizio di gennaio 2021 e designato dall'OMS come "Variante sotto inchiesta" nel marzo 2021, è stato segnalato come difficile da rilevare dal metodo di campionamento del tampone rinofaringeo per il rilevamento del coronavirus e il rilevamento della necessità del virus basarsi su campioni del tratto respiratorio inferiore.

Il lignaggio B.1.618 è stato isolato per la prima volta nell'ottobre 2020. Ha la mutazione E484K in comune con diverse altre varianti e ha mostrato una diffusione significativa nell'aprile 2021 nel Bengala occidentale , in India. Al 23 aprile 2021, il database PANGOLIN mostrava 135 sequenze rilevate in India, con numeri a cifra singola in ciascuno degli altri otto paesi del mondo.

Notevoli mutazioni missenso

Sono state osservate numerose mutazioni missenso di SARS-CoV-2.

del 69-70

Il nome della mutazione, del 69-70, o 69-70 del, o altre notazioni simili, si riferisce alla delezione dell'amminoacido in posizione da 69 a 70. La mutazione si trova nella variante Alpha e potrebbe portare a "spike gene target failure" e danno un risultato falso negativo nel test del virus PCR.

RSYLTPGD246-253N

Altrimenti indicato come del 246-252, o altra espressione simile, si riferisce alla delezione dell'amminoacido dalla posizione di 246 a 252, nel dominio N-terminale della proteina spike, accompagnata da una sostituzione dell'acido aspartico (D ) alla posizione 253 per l' asparagina (N).

La mutazione per la delezione di 7 aminoacidi è attualmente descritta come unica nella variante Lambda ed è stata attribuita come una delle cause dell'aumentata capacità del ceppo di sfuggire agli anticorpi neutralizzanti secondo la carta prestampata.

N440K

Il nome della mutazione, N440K, si riferisce a uno scambio per cui l' asparagina (N) viene sostituita dalla lisina (K) in posizione 440.

Questa mutazione è stata osservata in colture cellulari 10 volte più infettiva rispetto al ceppo A2a precedentemente diffuso (sostituzione A97V nella sequenza RdRP) e 1000 volte più nel ceppo A3i meno diffuso (sostituzione D614G in Spike e sostituzione a e P323L in RdRP ). È stato coinvolto in una rapida ondata di casi di Covid in India nel maggio 2021. L'India ha la più grande percentuale di varianti mutate N440K, seguita da Stati Uniti e Germania.

G446V

Il nome della mutazione, G446V, si riferisce a uno scambio per cui la glicina (G) viene sostituita dalla valina (V) in posizione 446.

Si dice che la mutazione, identificata in Giappone tra i viaggiatori in entrata a partire da maggio, e tra 33 campioni di individui relativi ai Giochi Olimpici di Tokyo 2020 e ai Giochi Paralimpici di Tokyo 2020 , possa avere un impatto sull'affinità di più anticorpi monoclonali , sebbene il suo impatto clinico contro il l'uso della medicina anticorpale è ancora da conoscere.

L452R

Il nome della mutazione, L452R, si riferisce a uno scambio per cui la leucina (L) viene sostituita dall'arginina (R) in posizione 452.

L452R si trova in entrambe le varianti Delta e Kappa che circolarono per la prima volta in India, ma da allora si sono diffuse in tutto il mondo. L452R è una mutazione rilevante in questo ceppo che migliora la capacità di legame del recettore ACE2 e può ridurre gli anticorpi stimolati dal vaccino dall'attaccarsi a questa proteina spike alterata.

L452R, alcuni studi mostrano, potrebbe persino rendere il coronavirus resistente alle cellule T, che sono una classe di cellule necessarie per colpire e distruggere le cellule infettate da virus. Sono diversi dagli anticorpi utili per bloccare le particelle di coronavirus e impedirne la proliferazione.

Y453F

Il nome della mutazione, Y453F, si riferisce a uno scambio per cui la tirosina (Y) viene sostituita dalla fenilalanina (F) in posizione 453. La mutazione è stata trovata potenzialmente collegata alla diffusione di SARS-CoV-2 tra i visoni nei Paesi Bassi nel 2020.

S477G/N

Una regione altamente flessibile nel dominio di legame del recettore (RBD) di SARS-CoV-2, a partire dal residuo 475 e proseguendo fino al residuo 485, è stata identificata utilizzando metodi bioinformatici e statistici in diversi studi. L'Università di Graz e la Biotech Company Innophore hanno dimostrato in una recente pubblicazione che strutturalmente, la posizione S477 mostra la massima flessibilità tra di loro.

Allo stesso tempo, S477 è finora il residuo amminoacidico più frequentemente scambiato negli RBD dei mutanti SARS-CoV-2. Utilizzando simulazioni di dinamica molecolare di RBD durante il processo di legame a hACE2, è stato dimostrato che sia S477G che S477N rafforzano il legame del picco SARS-COV-2 con il recettore hACE2. Lo sviluppatore di vaccini BioNTech ha fatto riferimento a questo scambio di amminoacidi come rilevante per quanto riguarda il futuro design del vaccino in una prestampa pubblicata nel febbraio 2021.

E484Q

Il nome della mutazione, E484Q, si riferisce a uno scambio per cui l'acido glutammico (E) viene sostituito dalla glutammina (Q) in posizione 484.

La variante Kappa che circola in India ha E484Q. Queste varianti sono state inizialmente (ma in modo fuorviante) indicate come "doppio mutante". E484Q può migliorare la capacità di legame del recettore ACE2 e può ridurre la capacità degli anticorpi stimolati dal vaccino di legarsi a questa proteina spike alterata.

E484K

Il nome della mutazione, E484K, si riferisce a uno scambio per cui l'acido glutammico (E) viene sostituito dalla lisina (K) in posizione 484. È soprannominato "Eeek".

È stato segnalato che E484K è una mutazione di fuga (cioè una mutazione che migliora la capacità di un virus di eludere il sistema immunitario dell'ospite ) da almeno una forma di anticorpo monoclonale contro SARS-CoV-2, indicando che potrebbe esserci un "possibile cambiamento nella antigenicità ”. La variante Gamma (lignaggio P.1), la variante Zeta (lignaggio P.2, noto anche come stirpe B.1.1.28.2) e la variante Beta (501.V2) mostrano questa mutazione. È stato anche rilevato un numero limitato di genomi della linea B.1.1.7 con mutazione E484K. Gli anticorpi monoclonali e derivati ​​dal siero sono da 10 a 60 volte meno efficaci nel neutralizzare i virus portatori della mutazione E484K. Il 2 febbraio 2021, scienziati medici nel Regno Unito hanno segnalato il rilevamento di E484K in 11 campioni (su 214.000 campioni), una mutazione che potrebbe compromettere l'attuale efficacia del vaccino.

F490S

F490S denota un cambiamento da fenilalanina (F) a serina (S) in posizione amminoacidica 490.

È una delle mutazioni riscontrate in Lambda ed è stata associata a una ridotta suscettibilità agli anticorpi generati da coloro che sono stati infettati da altri ceppi, il che significa che il trattamento con anticorpi contro le persone infette da ceppi portatori di tale mutazione sarebbe meno efficace.

N501Y

N501Y denota un cambiamento da asparagina (N) a tirosina (Y) nella posizione aminoacidica 501. N501Y è stato soprannominato "Nelly".

Questo cambiamento è creduto da PHE per aumentare l'affinità di legame a causa della sua posizione all'interno del dominio di legame del recettore della glicoproteina spike , che lega ACE2 nelle cellule umane; i dati supportano anche l'ipotesi di una maggiore affinità di legame da questo cambiamento. La modellizzazione dell'interazione molecolare e l'energia libera dei calcoli di legame hanno dimostrato che la mutazione N501Y ha la più alta affinità di legame nelle varianti che interessano RBD a hACE2. Le varianti con N501Y includono Gamma, Alpha (VOC 20DEC-01), Beta e COH.20G/501Y (identificato a Columbus, Ohio ). Quest'ultima è diventata la forma dominante del virus a Columbus alla fine di dicembre 2020 e gennaio e sembra essersi evoluta indipendentemente da altre varianti.

N501S

N501S denota un cambiamento da asparagina (N) a serina (S) nella posizione dell'aminoacido 501.

A settembre 2021, ci sono 8 casi di pazienti in tutto il mondo infetti dalla variante Delta che presentano questa mutazione N501S. Poiché è considerata una mutazione simile a N501Y, si sospetta che abbia caratteristiche simili alla mutazione N501Y, che si ritiene aumenti l'infettività del virus, tuttavia l'effetto esatto è ancora sconosciuto.

D614G

Prevalenza della mutazione D614G in tutti i ceppi GISAID segnalati nel corso del 2020. La convergenza con l'unità corrisponde da vicino all'arto superiore della curva logistica .

D614G è una mutazione missenso che colpisce la proteina spike di SARS-CoV-2. Dalle prime apparizioni nella Cina orientale all'inizio del 2020, la frequenza di questa mutazione nella popolazione virale globale è aumentata durante la pandemia. G ( glicina ) ha sostituito D ( acido aspartico ) alla posizione 614 in molti paesi, specialmente in Europa ma più lentamente in Cina e nel resto dell'Asia orientale, supportando l'ipotesi che G aumenti la velocità di trasmissione, che è coerente con titoli virali più elevati e infettività in vitro. I ricercatori con lo strumento PANGOLIN hanno soprannominato questa mutazione "Doug".

Nel luglio 2020, è stato riferito che la variante D614G SARS-CoV-2 più infettiva era diventata la forma dominante nella pandemia. PHE ha confermato che la mutazione D614G aveva un "effetto moderato sulla trasmissibilità" ed era monitorata a livello internazionale.

La prevalenza globale di D614G è correlata alla prevalenza della perdita dell'olfatto ( anosmia ) come sintomo di COVID-19, possibilmente mediata da un maggiore legame del RBD al recettore ACE2 o da una maggiore stabilità proteica e quindi da una maggiore infettività dell'epitelio olfattivo .

Varianti contenenti la mutazione D614G si trovano nel clade G da GISAID e nel clade B.1 dallo strumento PANGOLIN .

Q677P/H

Il nome della mutazione, Q677P/H, si riferisce a uno scambio per cui la glutammina (Q) viene sostituita da prolina (P) o istidina (H) in posizione 677.

La mutazione è stata segnalata in più linee circolanti all'interno degli Stati Uniti alla fine del 2020 e anche in alcune linee al di fuori del paese. La frequenza di registrazione di tale mutazione è aumentata dalla fine del 2020 all'inizio del 2021.

P681H

Prevalenza logaritmica di P681H nel 2020 secondo le sequenze nel database GISAID

Il nome della mutazione, P681H, si riferisce a uno scambio per cui la prolina (P) viene sostituita dall'istidina (H) in posizione 681.

Nel gennaio 2021, gli scienziati hanno riferito in un preprint che la mutazione P681H, una caratteristica della variante Alpha e del lignaggio B.1.1.207 (identificata in Nigeria), sta mostrando un significativo aumento esponenziale della frequenza mondiale, seguendo così una tendenza ad essere atteso nell'arto inferiore della curva logistica. Questo può essere confrontato con la tendenza dell'ormai diffuso D614G a livello globale.

P681R

Il nome della mutazione, P681R, si riferisce a uno scambio per cui la prolina (P) viene sostituita dall'arginina (R) in posizione 681.

L'Indian SARS-CoV-2 Genomics Consortium ( INSACOG ) ha scoperto che oltre alle due mutazioni E484Q e L452R, esiste anche una terza mutazione significativa, P681R nel lignaggio B.1.617. Tutte e tre le mutazioni relative sono sulla proteina spike, la parte operativa del coronavirus che si lega alle cellule recettoriali del corpo.

A701V

Secondo i primi resoconti dei media, il Ministero della Salute malese ha annunciato il 23 dicembre 2020 di aver scoperto una mutazione nel genoma SARS-CoV-2 che hanno designato come A701B(sic), tra i 60 campioni raccolti dal cluster Benteng Lahad Datu in Sabah . La mutazione è stata caratterizzata come simile a quella trovata di recente in quel periodo in Sud Africa, Australia e Paesi Bassi, sebbene non fosse certo se questa mutazione fosse più infettiva o aggressiva di prima. Il governo provinciale di Sulu nelle vicine Filippine ha temporaneamente sospeso il viaggio a Sabah in risposta alla scoperta di "A701B" a causa dell'incertezza sulla natura della mutazione.

Il 25 dicembre 2020, il Ministero della Salute malese ha descritto una mutazione A701V come circolante e presente nell'85% dei casi (D614G era presente nel 100% dei casi) in Malesia. Questi rapporti si riferivano anche a campioni raccolti dal cluster Benteng Lahad Datu. Il testo dell'annuncio è stato rispecchiato alla lettera sulla pagina Facebook di Noor Hisham Abdullah , direttore generale della sanità malese, citato in alcuni articoli di notizie.

La mutazione A701V ha l'aminoacido alanina (A) sostituito da valina (V) in posizione 701 nella proteina spike. A livello globale, anche il Sudafrica, l'Australia, i Paesi Bassi e l'Inghilterra hanno segnalato l'A701V all'incirca nello stesso periodo della Malesia. In GISAID, la prevalenza di questa mutazione risulta essere di circa lo 0,18%. di casi.

Il 14 aprile 2021, il Ministero della Salute malese ha riferito che la terza ondata, iniziata a Sabah, ha comportato l'introduzione di varianti con mutazioni D614G e A701V.

Efficacia differenziale del vaccino

Vedi anche Ricerca clinica sui vaccini COVID-19 (Efficacia)

Dati e metodi

Il moderno sequenziamento del DNA , ove disponibile, può consentire il rilevamento rapido (talvolta noto come " rilevamento in tempo reale ") delle varianti genetiche che compaiono negli agenti patogeni durante le epidemie di malattie. Attraverso l'uso del software di visualizzazione dell'albero filogenetico , le registrazioni delle sequenze genomiche possono essere raggruppate in gruppi di genomi identici contenenti tutti lo stesso insieme di mutazioni. Ogni gruppo rappresenta una "variante", "clade" o "lignaggio", e il confronto delle sequenze consente di dedurre il percorso evolutivo di un virus. Per SARS-CoV-2, oltre 330.000 sequenze genomiche virali sono state generate da studi di epidemiologia molecolare in tutto il mondo.

Rilevamento e valutazione di nuove varianti

Il 26 gennaio 2021, il governo britannico ha dichiarato che condividerà le sue capacità di sequenziamento genomico con altri paesi al fine di aumentare il tasso di sequenziamento genomico e tracciare nuove varianti e ha annunciato una "Nuova piattaforma di valutazione delle varianti". A gennaio 2021, più della metà di tutto il sequenziamento genomico di COVID-19 è stato effettuato nel Regno Unito.

test

L'11 giugno 2021, Public Health England ha introdotto un algoritmo decisionale basato su regole per distinguere tra le varianti nei risultati della RT-PCR. Il sistema viene rivisto settimanalmente. In particolare, le regole richiedono che per ogni variante siano presenti mutazioni specifiche nel gene S (P681R per Delta, K417N per Beta e K417T per Gamma); lo stato di conferma del test dipende anche da altri requisiti per la rilevazione o non rilevazione della presenza o assenza di queste mutazioni e delle mutazioni N501Y e E484K. Dove il risultato è 'indeterminato', sono possibili due categorie: con o senza E484K. .

Teoria dell'incubazione per più varianti mutate

I ricercatori hanno suggerito che possono insorgere mutazioni multiple nel corso dell'infezione persistente di un paziente immunocompromesso , in particolare quando il virus sviluppa mutazioni di fuga sotto la pressione selettiva dell'anticorpo o del trattamento con plasma convalescente , con le stesse delezioni negli antigeni di superficie che si ripetono ripetutamente in pazienti diversi .

Trasmissione interspecie

Grappolo 5

All'inizio di novembre 2020, il Cluster 5 , indicato anche come ΔFVI-spike dal Danish State Serum Institute (SSI), è stato scoperto nello Jutland settentrionale , in Danimarca, e si ritiene che sia stato diffuso dai visoni all'uomo attraverso allevamenti di visoni . Il 4 novembre 2020 è stato annunciato che la popolazione di visoni in Danimarca sarebbe stata abbattuta per prevenire la possibile diffusione di questa mutazione e ridurre il rischio che si verificassero nuove mutazioni. Un blocco e restrizioni di viaggio sono state introdotte in sette comuni dello Jutland settentrionale per impedire la diffusione della mutazione, che potrebbe compromettere le risposte nazionali o internazionali alla pandemia di COVID-19 . Entro il 5 novembre 2020, erano stati rilevati circa 214 casi umani correlati al visone.

L'OMS ha dichiarato che il cluster 5 ha una "sensibilità moderatamente diminuita agli anticorpi neutralizzanti". SSI ha avvertito che la mutazione potrebbe ridurre l'effetto dei vaccini COVID-19 in fase di sviluppo, sebbene fosse improbabile che li rendesse inutili. Dopo il blocco e i test di massa, il 19 novembre 2020 SSI ha annunciato che il cluster 5 con ogni probabilità si era estinto. A partire dal 1 febbraio 2021, gli autori di un documento sottoposto a revisione paritaria , tutti provenienti dalla SSI, hanno valutato che il cluster 5 non era in circolazione nella popolazione umana.

Esiste il rischio che il COVID-19 possa trasferirsi dall'uomo ad altre popolazioni animali e possa combinarsi con altri virus animali per creare ancora più varianti pericolose per l'uomo.

Guarda anche

Appunti

Riferimenti

Ulteriori letture

link esterno