Elenco delle banche dati per la ricerca oncogenomica - List of databases for oncogenomic research

I database per la ricerca oncogenomica sono database biologici dedicati ai dati sul cancro e alla ricerca oncogenomica . Possono essere una fonte primaria di dati sul cancro, offrire un certo livello di analisi (dati elaborati) o persino offrire data mining online .

Elenco

La tabella seguente fornisce una panoramica dei database che servono specificamente per la ricerca oncogenomica. Si noti che questo non è un elenco completo e non contiene database con un focus generico. È possibile trovare database contenenti dati sul cancro nell'elenco dei database biologici o nei database di microarray .

Banca dati Istituto / Organizzazione Tipi di alterazione Fonte primaria Dati elaborati organismi linee cellulari Dati pubblici Dati limitati
La BioExpress® Oncology Suite di Ocimum Bio Solutions contiene dati di espressione genica da campioni di tumori primari, metastatici e benigni e campioni normali, compresi i controlli adiacenti abbinati. (Suite Oncologica BioExpress) → Ocimum Bio Solutions , Stati Uniti Espressione genica sì sì Umano, ratto e topo sì No sì
ClinicalTrials.gov contiene descrizioni e alcuni risultati di studi clinici, molti dei quali sono mirati al genoma. → National Institutes of Health , Stati Uniti Varie sì sì Umano No sì No
Project Data Sphere di The CEO Life Sciences Consortium consente ai ricercatori di condividere, integrare e analizzare dati anonimi sul cancro di fase III a livello di paziente, braccio di confronto e fase III. → Il CEO Life Sciences Consortium , Stati Uniti Varie No sì Umano No sì sì
Catalogo delle mutazioni somatiche nel cancro (COSMIC) → Wellcome Trust Sanger Institute , Regno Unito Mutazione No sì Umano sì sì sì
cBio Cancer Genomics Portal → Memorial Sloan-Kettering Cancer Center , Stati Uniti Numero di copie , mutazione , metilazione , espressione genica , espressione di miRNA , proteine , fosforilazione No sì Umano No sì No
Consorzio Internazionale Genoma Cancro → In tutto il mondo Mutazione sì sì Umano No sì sì
Navigatore oncogenomico integrato per il cancro (IntOGen) → Universitat Pompeu Fabra , Spagna Numero di copie , mutazione , espressione genica No sì Umano No sì No
Database dei geni del cancro con tag retrovirus del topo → Istituto di biologia molecolare e cellulare , Singapore mutazioni sì sì Topo No sì No
Database di biologia del tumore del topo → The Jackson Laboratory , Stati Uniti Numero di copie , mutazione , metilazione , espressione genica No No Topo No No No
OncoDB.HCC → Accademia Sinica , Taiwan Numero di copia , espressione genica , QTL No sì Umano , Topo , Ratto No sì No
Genevestigator → contiene dati provenienti da numerosi archivi pubblici tra cui GEO e rinomati progetti di ricerca sul cancro come TCGA . Nebion AG , Svizzera Espressione genica No sì Umano , topo , ratto , scimmia , cane e altri sì sì sì
OncoLand di Omicsoft Corporation contiene dati da progetti genomici su larga scala, inclusi TCGA , IGCC e altri] Omicsoft Corporation , Stati Uniti Numero di copie , mutazione , metilazione , espressione genica , espressione di miRNA , proteine , fosforilazione sì sì Umano, ratto e topo sì sì sì
In arrivo → Compendia Bioscience, Inc., Stati Uniti Espressione genica No sì Umano sì No sì
Oncoreveal → Università Boğaziçi , Turchia Espressione genica No sì Umano No sì No
Progenetix → Universität Zürich , Svizzera Copia numero No sì Umano sì sì No
L'atlante del genoma del cancro → National Cancer Institute , Stati Uniti Numero di copie , mutazione , metilazione , espressione genica , espressione di miRNA sì sì Umano No sì sì
Risorsa Cancro → Medicina universitaria Berlino, Germania
Database del genoma del cancro di Roche (RCGDB) [1] Roche Diagnostics, Penzberg, Germania
Rete di geni del cancro → King's College di Londra , Regno Unito Mutazione No sì Umano No sì No
MutaGene NCBI, NIH, USA Mutazione No sì Umano No sì No

Guarda anche

Appunti

  1. ^ Contiene solo riferimenti a dati biologici

Riferimenti

link esterno